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Le Port de Douala est organisé en 11 zones géographiques d’exploitation dont :

1. Un Port à marchandises Diverses qui occupe l’emplacement de ce qui est considéré maintenant comme « le vieux Port ».
2. Terminal à Conteneurs modernisé qui est destiné au trafic des conteneurs et véhicules importés, il s’étend sur les postes 14 à 17
3. Terminal Bois pour le traitement du bois 
4. Terminal Fruitier qui accueille à la fois le trafic conventionnel et le trafic des fruits, principalement la banane, les ananas  et les céréales. 
5. Terminal Minéralier destiné au trafic de l’alumine à l’import et de l’aluminium à l’export 
6. Terminal Pétrolier qui est composé d’un Duc d’Albe destiné à l’accostage des pétroliers, des Tankers situés à 200 m de la rive gauche du Wouri. Un poste à quai est affecté provisoirement aux navires en raison de l’indisponibilité de ce Duc d’Albe.
7. Port de Pêche où se déroulent les activités liées à la pêche organisées autour de la darse amont dotée de plusieurs facilités 
8. La Zone de réparation navale gérée par le Chantier Naval et Industriel du Cameroun
9. Les Zones de support logistique au trafic des pays de l’Hinterland ;
10. Les Zones de support logistique à la recherche pétrolière ;
11. Les Zones d’entreposage longue durée comprenant des magasins.